1948年初，國(guó)民黨政府宣布“本屆總統(tǒng)、副總統(tǒng)候選人，由本黨同志在國(guó)民大會(huì)中得依法聯(lián)署提名參加競(jìng)選。”程潛自忖資歷深、威望高，擁有兩湖民意，且治軍從政40年，門(mén)生僚屬遍全國(guó)，決定參加副總統(tǒng)競(jìng)選。其親信、僚屬積極為其出謀劃策，籌組競(jìng)選班子，由何成浚、賀耀祖主持，籌集助選資金一億元，趕寫(xiě)了《程朱理學(xué)的研究》，以宣傳其政治主張，并組織了“民主政治會(huì)”和“憲政實(shí)施協(xié)進(jìn)會(huì)”，創(chuàng)辦了《民主論壇》雜志，為其造勢(shì)。程潛也以《相期無(wú)負(fù)平生》《國(guó)家與地方》《論婦女問(wèn)題》《思想與教育》為題，頻頻向社會(huì)各界發(fā)表演講，闡述其政治見(jiàn)解。3月29日第一屆“國(guó)大”在南京開(kāi)幕，程潛等連日分別招待“國(guó)大”代表，分發(fā)其作品《養(yǎng)復(fù)園詩(shī)集》，謂之為“以文會(huì)友”。程潛的競(jìng)選委員會(huì)發(fā)言人宣稱(chēng)：“最后勝利必歸最不雄辯然最誠(chéng)實(shí)的人。”

4月20日，“國(guó)大”主席團(tuán)公告副總統(tǒng)候選人為孫科、李宗仁、程潛、于右任等6人。蔣介石希望孫科當(dāng)選副總統(tǒng)，指使吳稚暉等提出“本黨同志參加正副總統(tǒng)的競(jìng)選應(yīng)尊重本黨意志，由黨提名”。這一做法，引起幾位候選人的強(qiáng)烈不滿，李宗仁乘機(jī)拉攏程潛、于右任結(jié)成“聯(lián)盟”，共同抵制這項(xiàng)提議。

“國(guó)大”第一、第二次副總統(tǒng)選舉投票后，李宗仁、孫科、程潛得票較多，但均不足法定票數(shù)。蔣介石為了給孫科拉選票，命賀衷寒、袁守謙二人勸程潛退出競(jìng)選，將選票讓給孫科，并表示事后將啟用程潛的助選人并負(fù)責(zé)補(bǔ)償程的全部競(jìng)選費(fèi)用。程潛同李宗仁訂有“同盟”，如今雖知自己競(jìng)選無(wú)望，但不甘屈從蔣的意志，不僅拒絕了蔣的要求，當(dāng)晚8時(shí)，他還公開(kāi)宣布：“本人已受命放棄繼續(xù)競(jìng)選副總統(tǒng)”。

程潛退出競(jìng)選，李宗仁跟著退選。孫科沒(méi)有了競(jìng)選對(duì)象，只得也聲明放棄，“國(guó)大”被迫休會(huì)。蔣在輿論壓力下，不得不做出讓步。5日，國(guó)民黨中央常委會(huì)派人向李宗仁、孫科、程潛解釋誤會(huì)，國(guó)大主席團(tuán)也派人勸李宗仁、孫科、程潛繼續(xù)參加競(jìng)選。27日，李宗仁、程潛表示“一切可聽(tīng)大會(huì)決定”，決定仍繼續(xù)參加競(jìng)選，投票結(jié)果，李宗仁、孫科得票較多，程潛退出。

副總統(tǒng)競(jìng)選后，蔣介石為對(duì)付桂系，仍需利用程潛，于是在外調(diào)白崇禧任華中“剿總”總司令的同時(shí)，又任命程潛為長(zhǎng)沙綏靖公署主任兼湖南省政府主席，讓程潛兼軍、政兩職，統(tǒng)馭湘、贛兩省，以牽制桂系。

程潛是與共產(chǎn)黨人淵源頗深的國(guó)民黨將領(lǐng)。除林伯渠曾擔(dān)任程潛第六軍的黨代表，彭德懷曾經(jīng)是程潛部的軍官，左權(quán)、陳賡等也曾經(jīng)是程潛湘軍所屬學(xué)生隊(duì)的學(xué)員，值得一提的是，毛澤東在湖南新軍當(dāng)兵期間，程潛是湖南督軍府的參謀部長(zhǎng)、軍事廳長(zhǎng)，所以毛澤東后來(lái)一直尊稱(chēng)其為“老上司”。1945年8月28日，毛澤東率中共代表團(tuán)赴重慶參加國(guó)共和平談判時(shí)，程潛曾親往桂園拜訪毛澤東，毛澤東也曾回訪。交談中，毛澤東曾對(duì)程潛說(shuō)：“您是國(guó)民黨資深望重的元老了，應(yīng)該充分發(fā)揮自己的作用，下屆行憲國(guó)大選舉時(shí)，您老可以參加副總統(tǒng)的競(jìng)選嘛！競(jìng)選成功了，可以為老百姓謀點(diǎn)利益；不成功，也沒(méi)有什么，可以回湖南去搞和平運(yùn)動(dòng)！”

1949年8月4日，程潛從民族大義出發(fā)，與陳明仁領(lǐng)銜發(fā)表湖南“和平起義通電”，使湖南免遭戰(zhàn)禍，走向歷史性轉(zhuǎn)折。