1922年6月，因陳炯明叛變，孫中山被迫離開廣州赴上海。1923年1月，表示服從孫中山的粵、滇、桂等軍隊組成討賊軍，將陳炯明叛軍逐出廣州，2月，孫中山從上海回到廣州第三次在廣州建立政權，重建陸海軍大本營，以大元帥名義統率各軍，開展重建廣東革命根據地的工作。

此時，正值直系軍閥曹錕、吳佩孚打敗了皖系、奉系軍閥，控制了北洋政府。直系軍閥迷信“武力統一”，企圖聯合陳炯明、沈鴻英等人，消滅廣東的革命勢力。

陳炯明被逐出廣州后，一面向直系軍閥求援，一面指使自己的舊部假裝投降，靜待時機，以圖“東山再起”。因此，當孫中山派干部和部隊進駐東江地區時，陳炯明叛軍將領果然紛紛向孫中山表示“悔過”，并表示愿意接受“改編”。

4至5月間，孫中山親自指揮討賊軍擊潰了受直系軍閥支持的沈鴻英叛軍對廣州的進攻，成功粉碎了直系軍閥利用沈鴻英“武力統一”廣東的陰謀。

在沈鴻英叛變后不久，在直系軍閥的指示下，陳炯明以為時機已到，立即命令手下重舉叛旗，突襲駐扎東江各地的討賊軍部隊。5月中旬開始，孫中山又親自指揮討賊軍各部征討再次叛變的陳炯明舊部，與叛軍在博羅、惠州等地激戰。

10月5日，直系軍閥頭子曹錕通過賄選成為“總統”。10月10日，曹錕“就職”，還頒發了一部所謂“憲法”。曹錕的賄選與“制憲”，嚴重踐踏了民國元年的《臨時約法》及其規定的國會制度。孫中山以中國國民黨名義發表宣言，揭露曹錕賄賂竊位的罪行，又以大元帥府名義下令討伐直系軍閥，并指出：“今日欲解決時局，除非掃除軍閥，方為根本解決。”

直系軍閥為了對抗孫中山和其領導的廣州革命政府，向陳炯明叛軍輸運了大批武器彈藥和金錢，還協助陳炯明從香港潛返東江，主持“全面反攻”。

得到直系軍閥接濟的叛軍實力大增，于11月擊敗討賊軍。討賊軍組織反攻，想挽回頹勢，但隨著反攻失敗，石龍、石灘相繼失守，叛軍大舉迫近廣州。

孫中山于12日從前線返回廣州后，臨危不懼，指揮若定。他首先對討賊軍各部進行收容整頓，布置廣州防務：派部隊堅守白云山、龍眼洞、瘦狗嶺、觀音山等險要地區，并電令駐防增城守軍堅守增城；同時調集湘軍譚延闿及駐粵北的豫軍樊鐘秀部等軍星夜兼程趕到廣州，參加作戰；又偕同蘇聯顧問赴虎門要塞巡視，動員海防艦隊備戰。經蘇聯顧問的建議及中國共產黨人的發動，廣州工農群眾紛紛組織起來，“報名加入廣州的守衛隊并協助軍隊”保衛廣州。

17日，陳炯明叛軍洪兆麟、楊坤如部直抵廣州近郊石牌、瘦狗嶺、黃埔一帶，距離廣州市區僅約二十里。另一支叛軍林虎部被增城守軍阻擊，不能渡過增江。洪兆麟認為廣州唾手可得，于是不等林虎部到來，就于18日沿廣九鐵路向廣州守軍進攻。危急關頭，孫中山親自指揮各軍奮勇殺敵，守城軍士打退了敵人一次又一次的進攻。19日，豫軍樊鐘秀部由韶關乘火車趕到，在黃沙車站下車，孫中山親自迎接，并命令該部跑步趕赴戰場。

此時，前線討賊軍正在和洪兆麟部叛軍激戰，豫軍樊鐘秀部迅速包抄敵人后方，突然發起攻擊。叛軍見有生力軍殺入，頓時亂了陣腳，接著湘軍譚延闿部也趕到戰場，加入戰斗；同時，海軍軍艦也由海面發炮協助作戰，各部很快扭轉了戰局，將洪兆麟部叛軍擊潰。林虎部久攻增城不下，只得繞道龍眼洞向廣州開進，途中聽說洪兆麟、楊坤如部已被擊潰，也連忙向后撤退。

11月20日，討賊軍分途出擊，一部沿廣九鐵路追擊敵軍至石灘，豫軍樊鐘秀部追至石碑之東，同時，討賊軍許崇智部、李福林部、楊希閔部也在龍眼洞附近追上了林虎部叛軍，并給予沉重打擊，更追擊至增城以東，一舉解除了叛軍對廣州的威脅。自此，陳炯明叛軍損失慘重，再也無力進犯廣州。

擊潰叛軍后，孫中山立即主持召開國民黨臨時中央執行委員會第七次會議，討論黨綱、創立軍校，籌備國民黨全國代表大會等問題，并決定設立三個委員會分別調查農民、中產階級、工人的狀況，以便為起草土地法令、中產階級的法令、勞工法做準備。