1902年，17歲的馬敘倫來到了上海，經常在《新世界學報》上發表文章，使該報帶上了革命色彩，風行一時。

當時的上海，革命黨人的活動頻繁。孫中山的革命思想和活動，經常通過革命黨人在日本出版的刊物介紹進來。馬敘倫讀了很多進步書刊，尤其是讀了日本人著的《孫逸仙》一書，對他的觸動很大。馬敘倫明白，只有走革命的道路，才能推翻清政府。

在后來的一些事情上，身在廣州的孫中山與處在北京的馬敘倫做到了同聲相應。北洋軍閥統治時期，由于窮兵黷武，內戰頻仍，致使政府各部門經費支絀，尤以教育經費更為拮據。1919年冬，北京大中小60多所公立學校教職員發起“索薪”運動，馬敘倫被北京大學、北京高師和醫專公選為教職員會主席，并擔任北京小學以上各高校教職員聯合會主席，親赴北洋政府國務院交涉。1921年3月，北京高校又發生“索薪”運動，馬敘倫依然是領導者。同年6月3日，馬敘倫等人赴徐世昌的總統府第三次“索薪”時，還遭總統府馬隊襲擊，馬敘倫頭部受重傷。馬敘倫在《馬敘倫自述》中寫道：“六三事件的規模，不下于五四運動，它是有革命意義的運動……孫中山先生在廣州也給我們正式的援助，北京的軍閥政府的威信就此一落千丈。”

1924年年底，孫中山為了與段祺瑞商談召開國民會議，“以謀中國之統一與建設”，扶病至京。馬敘倫對孫中山此行抱有極大希望，于是前往車站迎接。路上，見青年學生絡繹不絕涌向車站，市民也擠向正陽門前迎候。民心所向，讓馬敘倫大為感動。

第二年，孫中山不幸逝世，馬敘倫悲痛萬分，賦七律一首以悼念：

先生畢竟是人豪，天下為公字字敲。

思想每隨時代進，堅貞不為大風撓。

奔走卌年余薄產，纏綿一病返天曹。

使公今日猶操國，郭李勛名未足高。