1931年11月，中華蘇維埃共和國臨時中央政府成立后，為解決蘇區軍民的看病問題，組織創立了專門的醫療機構，并迅速建立起從中央到地方、從軍隊到政府的衛生管理體系。

中央軍委成立了總衛生部，下設總務處、醫政局、保健局、衛生材料廠、醫院政治部。蘇區政府設立衛生管理局，專門負責人民衛生健康事業。在中央內務人民委員部內設立衛生管理局，下設藥品藥材科。隨著形勢發展的需要，衛生管理局將藥品藥材科升格為藥品管理處，主要負責蘇區藥品藥材的生產、供應、調撥、管理、檢查與監督工作。

為了加強藥品藥材管理，中央政府、中央軍委衛生部門先后頒布《衛生運動指南》《傳染病預防條例》等文件，對藥物購銷、生產、使用、保管、發放、供應、監督等工作作出了明確規定。從1933年起，中央蘇區各級地方政府成立了衛生運動委員會，省、縣設立衛生部，區、鄉設衛生委員會和衛生員，管理轄區的衛生行政、衛生建設和衛生教育等事務。中央、省、縣、鄉醫療衛生機構免費給群眾看病，教育紅軍指戰員和人民群眾破除陳規陋習，講究衛生，堅決同一切不衛生習慣作斗爭。

為了培養藥品專門人才，紅軍衛生學校（前身為軍醫學校）每期招生都會招收藥劑、司藥專業學員。中央藥材局也多次舉辦藥品材料加工生產培訓班，蘇區衛生部門為此組織人員編輯印發了大量包括有藥物學知識介紹的教材。受訓學員中的許多人后來成為醫療衛生戰線的領導、骨干和專家。

中央紅色總醫院成立后，除有診察室外，還設有手術室、藥房、化驗室、中草藥制劑車間、放射室等。醫院除收治病人外，還自行生產、制作一般的衛生材料、中草藥劑等，化驗有關藥品的性能與質量，防止中毒受害。此外，中央蘇區還先后建立了10所后方醫院、10所預備醫院、6所兵站醫院，2所殘廢醫院和1個療養院，約能收容傷病員兩萬多人。這些醫療機構內都有專門的藥品藥材管理科室。

中央蘇區成立之初，為了解決蘇區軍民藥品藥材供給緊缺的困難，主要采取三種方式應對：上山采集、戰場繳獲、通過地下交通員從國統區秘密購買。1932年10月，臨時中央政府在瑞金創辦了中央衛生材料廠。廠部設生產、技術、采購、檢驗、保管、供應等科室，并根據生產種類劃分了制藥、敷料、酒精、水劑、器材等車間，工人與技術人員最多時達200余人。該廠克服重重困難，很快生產出丸、散、膏、丹各類藥品以及酒精、敷料、手術刀、鑷子、鉗子、打丸機、壓氣機、蒸氣消毒機，并將產品分送各紅軍醫院使用，在很大程度上緩解了中央蘇區醫療器械和藥材供應困難。