“河長制”的設立目的主要有兩個：

一是結合中國的國情，讓水環境保護法律法規規定的職責和要求運轉起來。地方黨政一把手擔任河長或者總河長，有利于調動行政資源，對不認真履責的人追究責任，有利于讓急需解決的環境問題在最短的時間內得到有效解決。

二是解決目前的立法難以解決的問題，如一些水污染是由岸上的生活垃圾和農田的秸稈腐爛造成的，或者由農村面源生活污水流入造成的，涉及上下游、左右岸、不同行政區域和行業，很復雜，而這些，水利部門和環保部門難以依據現行的《環境保護法》《水污染防治法》《水法》予以解決。設立河長制，可以突破現有的法律制度和監管體制局限，讓地方黨政主要領導對水環境保護工作兜底，對河湖管理保護這項復雜的系統工程負總責，牽頭解決現有部門難以牽頭解決的問題。

河長如果認真履職，可以促進流域和湖泊的水污染治理。河長如果不認真履職，河長制的設立就會形同虛設，為此，需要設立監督制約機制，如考核、督察、督查以及相應的獎懲機制。中央在部署生態文明體制改革時，針對地方主要的黨政領導設計了自然資源資產負債表、領導干部離任審計制度和領導干部生態環境損害責任終身追究制度。所以，河長制的設計和其他制度的設計是相互匹配的，如果出現了水環境污染問題，聯網的環境監測數據會說真話，公眾的舉報投訴會說實話，中央和地方環境保護督察制度也會發現問題。

有了河長制，不是說現有的職責部門就輕松了，就可把全部的監管責任都推給河長了。相反，水利、環保等部門仍需依法履職，嚴格執法，向河長負責，接受河長協調，受河長監督。因為河長基本上都是本區域的行政負責人，因此這個體制與《環境保護法》第六條第二款規定的“地方各級人民政府應當對本行政區域的環境質量負責”是一致的。為了讓河長制更好地在法律方面發揮作用，下一次修改《水法》和《水污染防治法》時，可以考慮把現行的監管體制和河長制有機地銜接起來。

此外，要治理好水環境，使河流清澈，必須配套性地加強水利設施建設，加強農村垃圾分類收集，推進農村生活污水處理，從源頭系統性地解決問題。這些工作的加強，需要一個比較長的過程。因此，公眾想要通過河長制使水質得到明顯的提升，也需要有一定的耐心。